Hiện nay, EU đang đánh thuế cao đối với nhiều hàng xuất khẩu chính của Việt Nam sang thị trường này như giày dép (12,4%), dệt may (11,7 %) và thủy sản (10,8%). Theo một nghiên cứu của Mutrap Việt Nam -EU, FTA này sẽ giúp tăng khối lượng xuất khẩu các sản phẩm chính của Việt Nam sang EU từ 10-20%.

Ông Nguyễn Tôn Quyền, Tổng thư ký Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam (VIFORES), cho biết FTA Việt Nam - EU sẽ ổn định thuế suất đối với các sản phẩm gỗ của Việt Nam và khối lượng gỗ xuất khẩu tăng nhẹ.
Tuy nhiên, sau khi hiệp định được ký kết, các doanh nghiệp Việt Nam sẽ phải đối mặt với những thách thức nhất định. Tại một cuộc hội thảo gần đây có chủ đề "Đàm phán Hiệp định Thương mại Tự do Việt Nam - EU: Cơ hội và thách thức đối với các doanh nghiệp FDI Việt Nam", Nguyên Bộ trưởng Thương mại Trương Đình Tuyển đã cảnh báo những khó khăn có thể phát sinh như các rào cản kỹ thuật liên quan đến dịch tễ học và vệ sinh, kiểm dịch động thực vật là những thách thức đối với hàng hóa Việt Nam khi vào thị trường EU.
Ông Lê Văn Đạo, Phó Chủ tịch Hiệp hội Dệt may Việt Nam (VITAS), cho rằng nguồn gốc xuất xứ sản phẩm sẽ là một trở ngại khác cho các doanh nghiệp Việt Nam.
Khoảng cách phát triển giữa hai bên và áp lực cạnh tranh đặt lên vai các doanh nghiệp Việt Nam cũng là những thách thức lớn.
Cùng với việc cắt giảm thuế quan của EU, Việt Nam cũng sẽ phải cắt giảm thuế đối với hàng hóa nhập khẩu từ EU. Làm thế nào các doanh nghiệp Việt Nam có thể tồn tại và cạnh tranh với các mặt hàng tương tự nhập khẩu từ EU, thậm chí trong thị trường của EU, vẫn còn là một câu hỏi còn bỏ ngỏ.
Bài học kinh nghiệm rút ra từ việc gia nhập WTO vào năm 2007 cho thấy áp lực từ bên ngoài sẽ giúp Việt Nam cải cách nền kinh tế. Cạnh tranh với các doanh nghiệp mạnh nước ngoài sẽ thúc đẩy các doanh nghiệp trong nước tái cơ cấu nếu không muốn phá sản.
Giáo sư Trần Văn Thọ thuộc Đại học Waseda lại cảnh báo về một "cái bẫy thương mại tự do" khi cho rằng việc loại bỏ thuế và hàng rào phi thuế quan khi các ngành công nghiệp trong nước chưa đủ mạnh sẽ làm chậm quá trình chuyển dịch cơ cấu công nghiệp ở các nước kém phát triển.
Do đó, để tận dụng các cơ hội mới có được từ Hiệp định Thương mại tự do với EU đòi hỏi các doanh nghiệp phải có sự điều chỉnh thích hợp trong hoạt động kinh doanh và Nhà nước phải xây dựng được một chiến lược vĩ mô vững chắc.